Ծնվել է Հին Նախիջևանի Օրդուբադի շրջանի
Հանդամեջ գյուղում, գյուղական ուսուցչի ընտանիքում: Սկզբնական կրթություն ստացել
է հայրենի գյուղում և Օրդուբադի քաղաքային դպրոցում, իսկ միջնակարգը՝ Թիֆլիսի 2-րդ
արական գիմնազիայում, որը և ավարտել է 1896թ.:
Բարձրագույն կրթություն ստացել է Պետերբուրգի
համալսարանի ֆիզիկա-մաթեմատիկական ֆակուլտետի բնագիտական բաժնում (1904 թ.): Մի քանի տարի Պետերբուրգում աշխատելուց
հետո 1907 թ. վերադառնում Է Թիֆլիս և բնագիտություն ու աշխարհագրություն ավանդում
օրիորդաց գիմնազիաներում: Հովհաննիսյանը 1905 թ. ճանապարհորդում է Միջին Ասիայի երկրներում,
Տյան-Շանում ու Պամիրում, իսկ 1912 թ.՝ Իտալիայում: 1914-1917 թթ. աշխատում է Բաքվի
գիմնազիաներում, որպես բնագիտության ուսուցիչ: Փետրվարյան հեղափոխության օրերին Բաքվի
մարզի և Դաղստանի ուսուցչության կողմից ընտրվում է համառուսական ուսուցչական համագումարի
պատգամավոր: 1918 թ. եղել է դաշնակցական կառավարության լուսավորության մինիստրի օգնական:
1919 թ. նշանակվել է Երևանի արական գիմնազիայի վերատեսուչ: Սովետական կարգերի հաստատումից
հետո այդ գիմնազիան վերանվանվեց երկրորդ աստիճանի № 2 աշխատանքային դպրոց (հետագայում՝ Խ. Աբովյանի անվան դպրոց): Այստեղ
որպես դպրոցի տնօրեն նա աշխատել է մինչև 1927 թ.: 1923 թվականից սկսած Հովհաննիսյանը
միաժամանակ աշխատել է Երևանի համալսարանի բանֆակում, այնուհետև մյուս ֆակուլտետներում՝
որպես աշխարհագրության դասախոս: 1929 թ. ժողովրդական լուսավորության կոմիսարիատը
նրան շնորհում է դոցենտի կոչում և հանձնարարում ղեկավարել Երևանի համալսարանի ֆիզիկական
աշխարհագրության ամբիոնը: 1935 թ. նրան շնորհվում է պրոֆեսորի կոչում: 1935-37 թթ.
նա Երևանի համալսարանի աշխարհագրական-երկրաբանական ֆակուլտետի դեկանն էր: 1933 թ.
Հովհաննիսյանը, որպես պատգամավոր, մասնակցում է Լենինգրադում գումարված աշխարհագրագետների
համամիութենական համագումարին և ընտրվում նախագահության անդամ, ակտիվ մասնակցություն
ցուցաբերում համագումարի աշխատանքներին: Նա գործուն մասնակցություն է ունեցել նաև
Հայաստանի աշխարհագրական ընկերության ստեղծմանը և ընտրվել է այդ ընկերության նախագահի
տեղակալ: Պրոֆ. Հովհաննիսյանը բնագիտական թեմաներով կարդացել է բազմաթիվ հրապարակային
դասախոսություններ, որոնք հետագայում լույս տեսան առանձին գրքով՝ «Մարդ և տիեզերք» վերնագրով: Հանրապետական
պարբերական մամուլում նա հաճախակի հանդես էր գալիս աշխարհագրական զանազան հարցերի
մասին հոդվածներով, գրում և խմբագրում էր ձեռնարկներ ու դասագրքեր: